KH. Masduqi Abdurrahman lahir di Dusun Ponggok Desa Banjarsari Kecamatan Bandarkedungmulyo Kabupaten Jombang. Dia merupakan anak ke-5 dari delapan bersaudara, pasangan KH Abdurrahman Bahri dengan Nyai Dewi Maryam. Sejak kecil Kiai Masduqi sudah mencintai ilmu agama.